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  卡氏肺囊虫为真核微生物,主要有两种形态,即包囊与滋养体,包囊前期为两者之间的中间形,其形态学特征欠清。包囊呈圆形或椭圆形,直径4~6µm,囊壁厚 100~160nm,银染色时呈棕黑色、甲苯胺蓝染成紫蓝色。成熟后,囊内胞质被吸收,内含8个囊内小体,直径1~1.5µm,多形性,膜薄,单核。包囊破裂后,囊内小体释出,发育为滋养体,滋养体不着色,以二分裂法繁殖。在严重感染者肺内常有大量滋养体。而包囊较少。包囊是重要的确诊依据。

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