衣原体的感染或呈隐性感染或临床症状非特异，故本病的诊断有赖于实验室检查。
1.显微镜直接检查 黏膜表面拭子或刮片分泌物找包涵体及衣原体原始小体。
2.组织细胞培养分离衣原体 取结合膜标本或支气管肺泡灌洗液作细胞培养分离衣原体，特异性高，但条件要求较苛刻且操作繁琐。
3.衣原体抗体 血清或分泌物查衣原体抗体应用最广。
(1)免疫荧光试验：微量免疫荧光试验(microimmuno fluorescence test，MIF)主要用于沙眼衣原体的诊断与定型。
(2)酶联免疫测定法EIA：敏感性80%～90%，特异性>95%。
(3)PCR法：与传统的组织细胞培养相比敏感性可达90%，特异性可达99%。
4.血象 嗜酸粒细胞增多>400/mm3。
1.胸部X线检查 双肺有间质性浸润，持续时间长，X射线见两肺透亮度高，广泛的、不同程度的间质和肺泡浸润，局灶性的肺不张。
2.B超 检查有无肝脾肿大等。
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